組學(xué)研究，構(gòu)建物種綜合數(shù)據(jù)云

近年來(lái)，隨著測(cè)序技術(shù)的不斷提高，測(cè)序成本逐漸降低，使一些重要物種的測(cè)序數(shù)據(jù)呈指數(shù)級(jí)增加，而這些數(shù)據(jù)中蘊(yùn)含著巨大的價(jià)值，有力的推動(dòng)了構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫(kù)的新浪潮。物種數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建，能為解答基因組進(jìn)化、系統(tǒng)發(fā)育等問(wèn)題提供參考，也有利于指導(dǎo)育種及保護(hù)物種多樣性等方面的工作。
構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫(kù)的優(yōu)勢(shì)不言而喻：首先，物種數(shù)據(jù)庫(kù)可作為系統(tǒng)性的展示、查詢、分析的平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)物種多組學(xué)數(shù)據(jù)的高效檢索、保存、調(diào)用、分析及深度挖掘；其次，一些具備創(chuàng)新特性的數(shù)據(jù)庫(kù)也可單獨(dú)作為一項(xiàng)研究成果在SCI論文中進(jìn)行展示；另外，通過(guò)共享云用戶的訪問(wèn)，可提升第三方數(shù)據(jù)庫(kù)的知名度，部分重要物種信息、重要分析結(jié)果可以收費(fèi)下載，為進(jìn)一步維護(hù)數(shù)據(jù)庫(kù)和科研工作提供資金；尤其主要的方面，可共享研究成果，促進(jìn)業(yè)內(nèi)交流，數(shù)據(jù)庫(kù)可作為研究論文的補(bǔ)充，展示研究細(xì)節(jié)，也便于其他研究者基于數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的探索，從而提升國(guó)內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域整體研究水平。對(duì)于某個(gè)物種已做全各類型組學(xué)研究工作或已有大量測(cè)序數(shù)據(jù)的科學(xué)家們來(lái)說(shuō)，建立在該物種研究領(lǐng)域執(zhí)牛耳學(xué)術(shù)地位之較好手段，莫過(guò)于構(gòu)建該物種的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。

百邁客物種綜合數(shù)據(jù)云平臺(tái)

據(jù)悉，北京百邁客云科技有限公司（以下簡(jiǎn)稱百邁客）在2017年就正式推出構(gòu)建物種綜合數(shù)據(jù)云的服務(wù)，和傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫(kù)相比，百邁客數(shù)據(jù)云有百邁客云+外部域名雙入口，兩個(gè)入口共享注冊(cè)用戶，可以對(duì)關(guān)鍵數(shù)據(jù)設(shè)定下載權(quán)限。百邁客表示，作為一家擁有深厚基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析行業(yè)背景的大數(shù)據(jù)挖掘分析公司，他們致力于為用戶設(shè)計(jì)更貼合使用習(xí)慣的基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，開發(fā)針對(duì)物種基因組學(xué)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)、管理、查詢、分析的數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。

物種綜合數(shù)據(jù)云基本架構(gòu)

存儲(chǔ)&查詢模塊：設(shè)置了種質(zhì)資源、突變體信息、性狀座位信息、分子標(biāo)記、基因功能信息、基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和查詢。

分析工具模塊：分析工具均可從網(wǎng)頁(yè)調(diào)用，無(wú)需用戶掌握任何編程基礎(chǔ)。包含數(shù)據(jù)云自帶分析工具，比如 blast、blat、引物設(shè)計(jì)、轉(zhuǎn)錄因子、metaQTL、共線性分析等；也可調(diào)用部署在百邁客公有云計(jì)算平臺(tái)（www.biocloud.net）的分析流程（APP）與生信軟件（Tools）。APP包括有參/無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析APP、microRNA分析APP、lncRNA分析APP、circleRNA分析APP、重測(cè)序分析APP、GWAS個(gè)性化分析APP、BSA個(gè)性化分析APP、遺傳圖譜個(gè)性化分析APP、微生物多樣性分析APP等；Tools模塊包含100余款各類生信分析軟件，涵蓋比對(duì)、注釋、繪圖、統(tǒng)計(jì)等。

公共數(shù)據(jù)庫(kù)模塊：包含7大模塊，分別是高通量測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)、功能基因數(shù)據(jù)庫(kù)、功能定位數(shù)據(jù)庫(kù)、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)、參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、變異數(shù)據(jù)庫(kù)、互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)。

在物種綜合數(shù)據(jù)云構(gòu)建方面，據(jù)相關(guān)人士透露，除了常規(guī)物種數(shù)據(jù)庫(kù)包含的所有優(yōu)點(diǎn)以外，該公司構(gòu)建的物種綜合云數(shù)據(jù)云還有兩個(gè)尤為突出的優(yōu)勢(shì)：1. 后臺(tái)管理權(quán)限，用戶無(wú)需配備專業(yè)IT運(yùn)維和美工，基于Web操作界面即可實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的增刪改查等操作；2. 強(qiáng)大的云平臺(tái)支持，數(shù)據(jù)庫(kù)可無(wú)縫對(duì)接百邁客云平臺(tái)8大數(shù)據(jù)庫(kù)、10多款分析APP和100多款小工具，用戶可以利用數(shù)據(jù)庫(kù)部署的簡(jiǎn)單分析工具或結(jié)合百邁客云賬號(hào)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘分析。

數(shù)據(jù)庫(kù)展示信息

案例展示

中國(guó)農(nóng)科院大豆數(shù)據(jù)庫(kù)（www.soybean-resources.cn）
包含了約1500種大豆種質(zhì)資源，382個(gè)品種的重測(cè)序，7套泛基因組數(shù)據(jù)。

中科院植物所構(gòu)樹數(shù)據(jù)庫(kù)（papyrifera.biocloud.net）
包含了構(gòu)樹基因組序列及注釋信息，可進(jìn)行數(shù)據(jù)的瀏覽、使用、下載。

另獲悉，百邁客正在構(gòu)建的物種綜合數(shù)據(jù)云還包括橡膠樹數(shù)據(jù)庫(kù)、柑橘數(shù)據(jù)庫(kù)、家禽數(shù)據(jù)庫(kù)、球蟲數(shù)據(jù)庫(kù)、芝麻數(shù)據(jù)庫(kù)等，涉及眾多研究領(lǐng)域。
該公司還表示，百邁客云不僅是面向生物大數(shù)據(jù)分析的開放云平臺(tái)，為用戶提供包括生物信息分析APP、計(jì)算資源、公共數(shù)據(jù)、信息分析培訓(xùn)的整合服務(wù)，也是科研工作者的終生制項(xiàng)目管理一站式平臺(tái)，相比傳統(tǒng)線下科技服務(wù)，能隨時(shí)隨地在線檢視項(xiàng)目全程進(jìn)展（送樣-提取檢測(cè)-建庫(kù)-測(cè)序-數(shù)據(jù)質(zhì)控-分析-交付），實(shí)現(xiàn)云端全結(jié)果交付（結(jié)題報(bào)告和結(jié)果文件，個(gè)性化結(jié)果，提取檢測(cè)報(bào)告）的平臺(tái)。

科技服務(wù)云時(shí)代百邁客極速分析周期

開年之際，為了回饋測(cè)序中國(guó)讀者及廣大科研工作者的支持與信任，百邁客公司日前推出“鬧元宵·贏大禮·100個(gè)轉(zhuǎn)錄調(diào)控云次賬號(hào)免費(fèi)送暨100個(gè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組超值特惠”活動(dòng)，名額僅限100名！

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