應(yīng)用案例
案例一
Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)
1、對釀酒酵母進(jìn)行全長轉(zhuǎn)錄組測序；
2、葡萄糖生長條件下的酵母共計(jì)獲得~509 MB（59X）數(shù)據(jù)量，包含約530,000高質(zhì)量reads，其中N50為1150bp；酒精條件下的酵母共計(jì)獲得~623 MB（72X）數(shù)據(jù)，約623000 高質(zhì)量reads，其中N50為1263 bp；
3、該技術(shù)的比對率為88%，錯誤率為12%，其中超過70%的轉(zhuǎn)錄本為全長轉(zhuǎn)錄本，鑒定長度最長轉(zhuǎn)錄本超過5kb，并對轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量分析。
案例二：
Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)
1、鑒定到4234 TSSs 和3883 TESs，其中Genecode數(shù)據(jù)庫已知2476 TSSs 和2448 TESs ;
2、并發(fā)現(xiàn) 296 內(nèi)含子保留, 134 個(gè)5’剪切 和173 個(gè)3’剪切；
3、結(jié)果表明，通過Nanopore測序不僅可以識別復(fù)雜的isoforms，而且還能定量其表達(dá)水平。
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