畫圖專題 | 差異表達基因結(jié)果展示系列之柱狀圖

如何將好幾張功能富集結(jié)果中的柱狀圖的橫坐標的范圍全部調(diào)整為一樣的？

一般畫這個柱狀圖都是用Y叔的clusterprofiler包中的barplot函數(shù)對使用這個包的功能富集結(jié)果進行一鍵繪圖，超級簡單方便。但是當我去查找這個函數(shù)的調(diào)整坐標的參數(shù)時：

Usage
##?S3?method?for?class?‘enrichResult’
barplot(height,?x?=?“Count”,?colorBy?=?“pvalue”,
?showCategory?=?5,?font.size?=?12,?title?=?“”,?…)
Arguments
height?????????????enrichResult?object
x?????????????????one?of?‘Count’?and?‘GeneRatio’
colorBy???????????one?of?‘pvalue’,?‘p.adjust’,?‘qvalue’
showCategory?????number?of?categories?to?show
font.size??????????font?size
title??????????????plot?title
…???????????????other?parameter,?ignored

other?parameter,?ignored，other?parameter,?ignored，other?parameter,?ignored……

也就是說這個函數(shù)里面沒有調(diào)整坐標范圍的參數(shù)，不知道是不是因為我沒找到還是什么，反正我找了好久沒有找到，我有點方。

后面我覺得還是自己用ggplot2畫吧，反正這個包里面一鍵繪圖也是根據(jù)ggplot2來的。

這個圖與一般的函數(shù)barplot畫出來的不一樣的地方在于它的顏色，這張圖里面的顏色反應(yīng)的是fdr的大小，是一個連續(xù)值，ggplot2可以將連續(xù)值映射到到顏色上，橫坐標是通路中感興趣基因的個數(shù)。

用來畫圖的數(shù)據(jù)示例：

#加載ggplot2包
library(ggplot2)?

#一鍵清除
rm(list=ls())

#設(shè)置文件路徑
setwd(“D:/zhangj/DZH/enrichment”)?

#讀取功能富集結(jié)
enrich?<-?read.table(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.list”,?header=T,sep=”\t”,stringsAsFactors=F,comment.char=””,quote=”\””)

#對富集結(jié)果按照qvalue進行從小到大排序，保證最顯著的通路在前
enrich1?<-?enrich[order(enrich$qvalue),]?

#這里畫圖只展示top10的通路
enrich2?<-?enrich1[1:10,]

#提取每條通路里面差異表達的基因數(shù)
count?<-?as.numeric(unlist(strsplit(enrich2$GeneRatio,”/5498″,fixed=T)))?
enrich3?<-?data.frame(enrich2[,2],count,enrich2[,7])
colnames(enrich3)?<-?c(“ID”,”count”,”qvalue”)

#fill=qvalue?fill顏色填充，使用連續(xù)值qvalue
p?<-?ggplot(data=enrich3,aes(x=ID,y=count,fill=qvalue))

#coord_flip()顛倒坐標軸
p1?<-?p?+?geom_bar(stat=”identity”)?+?coord_flip()
p2?<-?p1?+?theme(panel.background=element_rect(fill=’transparent’,color=’gray’),
???????????axis.text.y=element_text(color=”black”,size=12))

#ylim(0,20)?更改橫坐標的范圍這里坐標軸顛倒了，雖然看起來是x軸，但其實是y軸
p3?<-?p2?+?ylim(0,20)?+?scale_fill_gradient(low=”red”,high=”blue”)

p4?<-?p3?+?scale_x_discrete(limits=rev(enrich3[,1]))?+labs(x=””,y=””,title=”Biological_Process”)

#輸出為png格式的圖片
png(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.png”,width=680,height=480)
print(p4)
dev.off()

#輸出為pdf的文件
pdf(“S01_S03_S05_vs_S02_S04_S06_Biological_Process_enrich.pdf”,width=9)
print(p4)
dev.off()

最后結(jié)果圖：