全基因組重測序分析培訓教程

想系統(tǒng)學習全基因組重測序常規(guī)分析方法！

想了解重測序在實踐中的應用！

應各位老師需求，百邁客特開辦重測序生信課程，面向全體科研工作者，系統(tǒng)學習全基因組重測序中常規(guī)分析內容。課程設計覆蓋數據質控、序列比對、SNP Calling、SNP 注釋、結構變異等重測序常見分析內容。

課程亮點：

1、豐富齊全的學習文檔，每一步驟每一代碼詳細列出

2、課上課下均可獨立操作的專門服務器

3、理論與實操相結合，系統(tǒng)學習遺傳進化課程

4、免費且長期的售后答疑群，保障學員課下學習

5、講師團隊專注于動植物領域5年以上，具有豐富的項目經驗和培訓經驗

為了讓大家更系統(tǒng)了解本次培訓班的相關內容，現將部分教授內容展示如下：

數據質控

測序數據的質量直接決定了數據分析的質量及可靠性。低質量的測序數據往往導致分析結果出現異?；蛘叻治鼋Y果中包含過多的假陽性假陰性結果。利用FastQC可以快速實現對大量測序數據的質量評估并生成分析結果報告。分析的指標完善，同時可以生成可視化的圖形報告，數據質量結果一目了然。

SNP?Calling

GATK全稱是The Genome Analysis Toolkit，是Broad Institute（The Broad Institute, formerly the Broad Institute of MIT and Harvard, evolved from a decade of research collaborations among MIT and Harvard scientists.）開發(fā)的用于二代重測序數據分析的一款軟件，里面包含了很多有用的工具，主要注重與變異的查找，基因分型且對于數據質量保證高度重視。GATK是目前業(yè)內使用較廣的基因數據變異檢測工具。本次課程基于GATK的Best?Practices，實現從原始的比對結果開始，到最終的高質量突變位點的完整信息分析流程。

SNP?注釋

SnpEff 軟件通過基因組結構注釋數據（GTF/GFF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋，即主要解釋了SNP/InDel是否能夠對編碼蛋白基因造成影響。SnpEff自帶大量已經發(fā)表的基因組的信息，可以快速利用已發(fā)表的基因組信息進行SNP/InDel位點的注釋分析。對于未收錄的基因組，SnpEff也提供了標準流程來構建對應的分析數據庫。

結構變異

高通量測序數據除了可以分析SNP/InDel位點外，還可以利用雙端測序的中的插入片段長度信息和比對時出現的異常比對結果，對測序樣本中可能存在的結構變異進行分析。本次課程主要利用BreakDancer這款軟件進行結構變異位點的分析，軟件主要預測了五種類型的結構變異：插入、缺失、倒位、染色體間和染色體內易位，

課程內容列表

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2021百邁客云課堂會員卡制

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4、金牌、鉑金會員另贈送百邁客第八屆全國功能基因組學峰會門票（峰會為>500人會議，現已舉辦7屆，每屆均有院士大牛參加）
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