時(shí)空組學(xué)研究前沿進(jìn)展【第4期】

空間轉(zhuǎn)錄組助力果蠅抗腫瘤機(jī)制研究

期刊：PNAS

IF：9.8

時(shí)間：2023年7月

全文：http://m.specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/20230725-pans-g.pdf

研究將10x空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于研究果蠅的抗腫瘤反應(yīng)過(guò)程，報(bào)道了果蠅中一個(gè)名為mt//1的G蛋白偶聯(lián)蛋白，作為潛在的腫瘤識(shí)別受體，介導(dǎo)了機(jī)體抑制腫瘤細(xì)胞增殖的新的天然免疫反應(yīng)。其中空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析工作由北京百邁客助力完成！

基于熒光圖像數(shù)據(jù)的單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)

期刊：Nucleic Acids Research

IF：14.9

時(shí)間：2023年7月

全文：http://m.specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/unnamed-file.pdf

作者開(kāi)發(fā)了基于圖像的單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的綜合瀏覽器——iSMOD。該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的物種、基因、蛋白、細(xì)胞種類(lèi)、細(xì)胞marker、蛋白探針的信息和原位技術(shù)為主的圖像數(shù)據(jù)。并提供了一個(gè)用戶(hù)友好型的交互式平臺(tái)。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析油菜素內(nèi)酯介導(dǎo)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

期刊： Science

IF：56.9

時(shí)間：2023年3月

全文：http://m.specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/pdf.pdf

研究對(duì)不同發(fā)育時(shí)期的擬南芥的根進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。 單細(xì)胞和皮層軌跡實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明了根皮層相關(guān)基因是響應(yīng)油菜素內(nèi)酯的目標(biāo)基因。進(jìn)一步從基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中鑒定出響應(yīng)油菜素內(nèi)酯和調(diào)控細(xì)胞伸長(zhǎng)的關(guān)鍵基因，揭示了油菜素內(nèi)酯信號(hào)的時(shí)空調(diào)節(jié)模式。