Q5. 如何進(jìn)行動(dòng)植物的miRNA鑒定

答：
在已知miRNA鑒定方面，我們將比對(duì)到參考基因組的reads與miRBase（v22）數(shù)據(jù)庫(kù)中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt與下游5nt的范圍進(jìn)行比對(duì)，最多允許一個(gè)錯(cuò)配，這樣鑒定到的reads被認(rèn)為是鑒定到的已知miRNA。
miRNA轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)多位于基因間隔區(qū)、內(nèi)含子以及編碼序列的反向互補(bǔ)序列上，其前體具有標(biāo)志性的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，成熟體的形成是由Dicer/DCL酶的剪切實(shí)現(xiàn)的。針對(duì)miRNA的生物特征，對(duì)于未鑒定到已知miRNA的序列，百邁客利用miRDeep2軟件進(jìn)行新miRNA的預(yù)測(cè)。
我們利用miRDeep2軟件包,通過(guò)reads比對(duì)到基因組上的位置信息得到可能的前體序列，基于reads在前體序列上的分布信息(基于miRNA產(chǎn)生特點(diǎn)，mature,star,loop)及前體結(jié)構(gòu)能量信息(RNAfold randfold)采用貝葉斯模型經(jīng)打分最終實(shí)現(xiàn)新miRNA的預(yù)測(cè)。miRDeep2主要用于動(dòng)物miRNA的預(yù)測(cè)，通過(guò)參數(shù)的調(diào)整及打分系統(tǒng)的改變也可以對(duì)植物的miRNA進(jìn)行預(yù)測(cè)。